La elección del sitio para realizar mediciones astrofísicas de envergadura depende de un conjunto de factores, entre ellos los relacionados con la claridad del cielos, la temperatura, la velocidad del viento y la humedad relativa del aire (que es el parámetro crítico si se procura registrar microondas, pues la humedad afecta la sensibilidad del instrumento). La geología, la accesibilidad, las comunicaciones (en particular el acceso a internet), el apoyo local y la posibilidad de incorporar personal local de diferentes niveles, también forman parte de esos factores.
El sitio de Alto Chorrillos ya había sido evaluado y elegido para instalar un radiotelescopio llamado Large Latin American Millimetre Array (LLAMA), producto de la cooperación científica argentino-brasileña. Para hacerlo, el Conicet obtuvo en comodato por veinte años del gobierno provincial un área de 400ha. Para QUBIC se necesita poco más de 1ha.
Las coordenadas geográficas de QUBIC son:
24.186971 Sur, 66.478209 Oeste
El emplazamiento de esta clase de instalaciones posicionará a la puna salteña como polo tecnológico y astronómico a nivel global, y traerá aparejada la necesidad de mejorar, entre otras cosas, la provisión de energía, las comunicaciones y los caminos de acceso al sitio, así como de construir en este y posiblemente en San Antonio de los Cobres, sendas sedes que incluyan laboratorios y puedan ser compartidas por QUBIC y LLAMA. Además de ciertos beneficios económicos para los pobladores de San Antonio de los Cobres en forma de demanda de bienes y servicios, y oferta de empleo.